そこで以下のようにしたところうまくコピーできたのでメモを残しておきます。
% find ./ -type f -maxdepth 1 -print0 | xargs -0 -I"{}" cp {} [コピー先]
オプションについての説明
find
-type f: ファイルのみを対象
-maxdepth 1: 指定したフォルダ直下のみを対象
-print0: 区切り文字をnullにする
xargs
-0: 区切り文字をnullとする
-I"{}": {}を置き換える
cp
{}: xargs経由で受け取ったファイル名を代入する位置の指定